BioEdit(分子生物學(xué)應(yīng)用軟件)

BioEdit(分子生物學(xué)應(yīng)用軟件)是一款功能非常齊全的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，bioedit可以幫助用戶對核苷酸序列，蛋白質(zhì)序列等進(jìn)行所有的常規(guī)的分析操作，比如引物設(shè)計、序列比對、系統(tǒng)發(fā)育分析等，和 DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對更豐富一些，并且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口。本文中WinWin7為大家?guī)淼腂ioEdit為綠色漢化版本，感興趣的朋友可通過ww7分享的地址來獲??！

軟件簡介

BioEdit是一個功能齊全的免費(fèi)序列對比編輯器軟件。對于分子生物學(xué)來說，是一款相當(dāng)不錯的應(yīng)用工具了。主要可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對、序列檢索、引物設(shè)計、系統(tǒng)發(fā)育分析等。

BioEdit特色

1、可以完全核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作

2、序列比對、序列檢索、引物設(shè)計、系統(tǒng)發(fā)育分析等

3、和DNAMAN 相比其分析內(nèi)容相對更豐富一些

BioEdit漢化說明

先行安裝原英文版軟件，再安裝本簡體中文包后運(yùn)行主程序即可!

本簡體中文語言包是在7.0.1基礎(chǔ)上漢化的，同時也可以使用于各個版本的BioEdit。因采用外掛語言包形式，故軟件中仍有不少地方顯示為英文。

BioEdit序列拼接方法

1、在BioEdit中開啟一個序列

2、而后將序列上方的一個菜單：Mode下拉式菜單改為Edit，將光標(biāo)移動到序列的最末端，從粘貼板上粘貼你要增加的第二個序列就OK了。這樣三個序列都前后連接到一起了。

3、這需要一個一個來，十分麻煩。Mega5軟件支持將比對后的序列一下子全部放到此外一個比對后的序列后面。因此在序列連接(或拼接)中，用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做連接時，要選擇Edit/Build alignment，不能是Edit/view選項，不然不能編輯。

Bioedit軟件使用教程開啟Bioedit軟件，F(xiàn)ileOpen，開啟上述比對后的fasta文件，即本例的123.fasta。模式(Mode)選擇Edit，Overwrite;選擇修改模式為右鍵插入，即I圖標(biāo)。對序列堿基進(jìn)行編輯。刪除序列使用鍵盤上的-鍵。編輯完成后，刪除參考序列文件。

文件輸出

點(diǎn)擊FileSave As，保存為fasta格式，本例保存為123.fasta，覆蓋舊文件。

BioEdit功能

1、手動式兩端對齊四種方式：挑選和ppt，動態(tài)性爬取和拖拽，空隙插進(jìn)和點(diǎn)一下刪掉，及其在顯示屏幕上的打字行為如同一個文本編輯。
2、單獨(dú)Dna和碳水化合物顏色表的色調(diào)兩端對齊和編寫，并良好控制背景色。
3、用以從DNA序列自動生成質(zhì)粒圖的質(zhì)粒制圖插口。輕輕松松標(biāo)識部位，加上箭頭符號和彎折框的作用，并標(biāo)識約束性酶切位點(diǎn)。與此同時表明polylinker的關(guān)鍵點(diǎn)，制作可運(yùn)動的箭頭符號和制圖工具的樣子。
4、動態(tài)性的根據(jù)信息的兩端對齊黑影。
5、點(diǎn)一下顏色表編寫
6、表明和打印出具備技術(shù)專業(yè)外觀設(shè)計的ABI色譜。
7、將序列分構(gòu)成組或族。
8、為同歩手兩端對齊調(diào)節(jié)鎖住分類序列的兩端對齊。
9、在包括特點(diǎn)注釋信息專用工具提醒的兩端對齊對話框中應(yīng)用動態(tài)性主視圖對具備圖型特性的序列開展注釋。
10、鎖住序列以避免出現(xiàn)意外編寫。
11、在碳水化合物和多肽鏈序列中特定被覺得合理的標(biāo)識符開展測算。
12、依照名字，LOCUS，界定，瀏覽，PID/NID，參照，注釋或選中列中的殘余頻率對序列開展排列。
13、根據(jù)參照序列合拼兩端對齊。
14、增加一個兩端對齊到另一個的末尾。
15、基本上的系統(tǒng)發(fā)育樹查看器（phylip格式樹），容許連接點(diǎn)旋轉(zhuǎn)和打印出。
16、在單獨(dú)序列編輯軟件選用英文字母讀回序列來認(rèn)證手工制作鍵入的序列內(nèi)容。
17、讀寫能力Genbank，F(xiàn)asta，Phylip3.2，Phylip4和NBRF/PIR格式。如今還載入GCG和Clustal格式
18、運(yùn)用DonGilbert的ReadSeq全自動導(dǎo)進(jìn)和導(dǎo)出來此外11種格式，包含MSF，ASN.1，IG/Stanford和EMBL。
19、容許立即從剪切板導(dǎo)進(jìn)兼容格式，而不先儲存到文檔。
20、輕輕松松訂制編輯軟件對話框的菜單欄鍵盤快捷鍵
21、RNA較為剖析，包含協(xié)變，潛在性匹配和互信息剖析（現(xiàn)階段可以轉(zhuǎn)化成矩陣達(dá)到10,000x10,000-但這將是一個600+Mb文檔）與矩陣?yán)L圖儀的二維矩陣輸出表和面積圖數(shù)據(jù)信息矩陣的獨(dú)立行。矩陣?yán)L圖儀和曲線圖都具備點(diǎn)一下數(shù)據(jù)信息挑選，矩陣數(shù)據(jù)信息的矩陣?yán)L圖儀和一維曲線圖現(xiàn)在是動態(tài)鏈接的

以上便是BioEdit——分子生物學(xué)應(yīng)用軟件！