PyMol軟件

PyMol軟件是一款由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，專門為需要的用戶朋友帶來非常方便的行業(yè)3d模型制作軟件，不僅具有豐富的功能更有各種小工具帶來極大的方便，它是是第一個擁有高速光線追蹤器的全功能分子圖像程序，便捷的操作方式加上適合于各種不同的操作系統(tǒng)更有強大的兼容里更新以及全面的繪圖等你來加入，軟件功能多多上手容易值得一試。

PyMol介紹

PyMOL是一款相當(dāng)優(yōu)秀的三維分子模型軟件，軟件能夠用戶提供全面的分子可視化系統(tǒng)。使用其集成的光線跟蹤圖形技術(shù)，它可以渲染具有更平滑的表面邊界，增強的陰影和反射效果的3D分子結(jié)構(gòu)。軟件支持多種圖像格式，包括PDB，SDF和電子密度圖。

PyMol安裝教程

Window系統(tǒng)的pymol運行需要依賴python環(huán)境，PMW模塊。

而Pymol的安裝是通過一個python包（Python Wheels）安裝的，因此在開始之前，我們需要根據(jù)系統(tǒng)的位數(shù)（32位還是64位）以及python的版本來選擇pymol包進行下載。

比方說，系統(tǒng)是windows 64位，系統(tǒng)中有python 3.7（或者打算安裝python 3.7），那么我們就可以有2個選擇，可以選擇下載pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，對應(yīng)的版本分別是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包

好了，背景已經(jīng)介紹完了，現(xiàn)在進入實操。

使用方法

1、點一下菜單欄里邊的便捷標(biāo)志，就可以進到手機軟件的主界面；
2、進到手機軟件的主界面，能夠?qū)Ρ仨殤?yīng)用的功能開展迅速的挑選；
3、對萊單功能開展迅速的顯示，讓你能迅速的搜索到您必須的應(yīng)用到的功能；
4、支持應(yīng)用鍵盤快捷鍵來進行相關(guān)的黏貼、裁切、拷貝等功能；
5、根據(jù)蛋白質(zhì)編碼序列的實際操作；
6、對原子對開展相關(guān)的比照實際操作；
7、對各種各樣您必須的間距、視角等進行測算；
8、對二尾結(jié)果的圖型開展迅速的顯示；
9、能夠?qū)ο嚓P(guān)的立體式實際效果開展迅速的顯示查詢；
10、對光源開展迅速的跟蹤；
11、對靜電感應(yīng)結(jié)構(gòu)力學(xué)開展迅速的檢測；
12、支持對電腦鼠標(biāo)的相關(guān)操作過程開展迅速的查詢閱讀文章；
13、能夠?qū)ο嚓P(guān)的功能開展迅速的設(shè)定，而且對信息內(nèi)容的顯示；
14、支持對圖形的曲線圖相關(guān)信息內(nèi)容顯示；
15、圖型的顯示是非常的形象化；
16、全方位的程序包的3D渲染和動漫的3d構(gòu)造；
17、一個置入軟件3d圖象和動漫ppt演試；

PyMol特點

1、提供了強大實用的繪圖工具

2、PyMOL支持多種圖像格式，包括PDB、SDF

3、生成的PyMOL結(jié)構(gòu)可以導(dǎo)出到VRML

4、PyMOL可以使用各種圖像表示方法顯示分子數(shù)據(jù)

5、具有可定制的顏色，結(jié)構(gòu)標(biāo)簽，可調(diào)對象透明度，輸出和控制大小，自動縮放，文本覆蓋和可定制的鼠標(biāo)控件

PyMol優(yōu)勢

擁有相當(dāng)統(tǒng)一的用戶現(xiàn)代化操作窗口

而且該軟件的接口可以對TCL、TK的平臺上使用

并且對原來的接口進行取代

分布的方式比較的直觀，讓用戶可以清晰的查看到您需要的內(nèi)容

兼容性比較的強，對各種第三方的插件支持

自定義完成對腳本的支持

可以對可是執(zhí)行的文件進行快速的開放

安裝python環(huán)境

1.0     如果系統(tǒng)中已經(jīng)有了python環(huán)境，則跳過這一步?？梢酝ㄟ^命令行：python –V來查看python的版本號。

1.1     進入python官網(wǎng)下載windows版的安裝包

1.2     注意的是下載的安裝包要和windows系統(tǒng)位數(shù)對應(yīng)，x86對應(yīng)的是32位系統(tǒng)；x86-64對應(yīng)的是64位系統(tǒng)，我們就以python 3.7為例，由于我們的系統(tǒng)是64位的，所以下載的安裝包為：Windows x86-64 executable installer

1.3     下載完成后，雙擊進行安裝，記得勾選上Add Python to environment variables，不然后續(xù)命令行操作會出現(xiàn)問題。

1.4     如果安裝成功，Win+R，cmd進入命令行，鍵入python –V就可以看到python的版本號，同時也說明安裝成功。如果報錯“python不是內(nèi)部或外部命令，也不是可運行的程序或批處理文件。”那么說明python的地址沒有加入環(huán)境變量。

2. 安裝PMW

命令行鍵入：python -m pip install pmw

提示說成功安裝pmw，Successfully installed pmw-2.0.1

3. 下載并安裝pymol包

3.1 根據(jù)系統(tǒng)位數(shù)和python版本選擇某個pymol包進行下載，放在某個磁盤根目錄。在這里，我們選擇安裝pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目錄。

3.2 命令行下，將盤符切換到D:盤，鍵入命令：python -m pip  install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

提示安裝成功

4.完成，找到pymol主程序的位置

 本文中pymol的主程序地址為：C:\Users\Python37\Scripts\pymol.exe

其中紅色背景部分應(yīng)該會與不同電腦設(shè)置及python版本相一致。

最終pymol打開的效果圖：

以上便是WinWin7給大家分享的PyMol軟件！