mega 使用教程
1、打開mega準備需要建樹的序列,并將序列保存為fasta格式。
2、點擊Align--Edit/built Alignment,選擇Create a new alignment,點擊ok。
3、打開fasta序列。
4、點擊Alignment –Align by ClustalW ,選擇所有序列,參數(shù)根據(jù)需求修改,選擇【默認】,點擊ok。
5、比對完成后,點擊Data –Phylogenetic Analysis,出現(xiàn)坐標箭頭指向的兩個按鈕。
6、點擊Phylogeny,有5個構(gòu)建進化樹的方法,一般選擇MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(鄰接法)和Minimum-Evolution(最小進化法)方法,在此選擇選擇Neighbor-Joining(鄰接法)建樹。
7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點擊Compute得到下面結(jié)果,根據(jù)自己的需求對樹進行修飾。
mega 特點
1、序列分析
系統(tǒng)發(fā)育推論
型號選擇
約會和時鐘
祖?zhèn)鲊?br /> 選擇和測試
序列比對
2、統(tǒng)計方法
最大似然
距離方法
普通最小二乘
最大的簡約
復合似然
貝葉斯
3、強大的視覺工具
對齊/跟蹤編輯器
樹探索者
數(shù)據(jù)探索者
傳奇發(fā)電機
基因復制向?qū)?br /> 時間樹向?qū)?br />
以上便是winwin7小編給大家介紹的MEGA進化樹v7.0.26 綠色中文版!